lampo di genio:
RewriteRule ^(.*)$ [b]/[/b]directory/$1 [L]
prova mettendo lo slash davanti al nome della dir!
ora ho due domande da farti:
1) precisamente che errore ti dà il secondo? 404? 500? ti rimanda alla homepage?
2) ma nel pannello dns hai aggiunto i cname??? è una domanda stupida, ma è l'unica altra cosa che mi viene in mente....
ho controllato il mio htaccess: è praticamente identico al tuo, per la sezione dei sottodomini, quindi non riesco proprio a capire...